日期:2020-12-31 15:23:58 来源: 检验医学微信公众号 点击: 次
北海市中医医院医学检验科黄日昇 陈文雄 邓家庆
前言
新型冠状病毒(SARS-CoV-2)是一种新型β属冠状病毒,属于单链RNA病毒,是引起新型冠状病毒肺炎(COVID-19)主要病原微生物[1]。根据世卫组织最新实时统计数据,截至欧洲中部时间11月28日15时48分(北京时间11月28日22时48分),全球累计新冠肺炎确诊病例61299371例,累计死亡病例1439784例,28日全球新冠肺炎确诊病例新增747082例,死亡病例新增13296例。实时荧光RT-PCR作为SARS-CoV-2确诊病例的诊断标准之一,是疫情其中主要的实验室检测手段[2-3],在疫情防控中起到非常重要的作用,但同时也暴露了众多新冠冠状病毒核酸实验室的短板与不足。本案例旨在通过新型冠状病毒核酸实验室假阳性增多的分析处理,为病原微生物安全防护提供建设性意见。
案例经过及分析
根据SARS-CoV-2检测实验室工作人员反映,2020年6月20日至2020年6月23日期间SARS-CoV-2核酸检测假阳性结果增多,主要表现形式为:阴性对照样品出现扩增曲线(图1、图2);假阳性样品突发式增多伴随阳性孔位不确定性(图3、图4)。
图1:阴性对照样品出现扩增曲线
检测日期:2020年6月20日
图2:阴性对照样品出现扩增曲线
检测日期:2020年6月21日
图3:假阳性样品突发式增多
伴随阳性孔位不确定性
检测日期:2020年6月20日
图4:假阳性样品突发式增多
伴随阳性孔位不确定性
检测日期:2020年6月21日
2020年6月23日,SARS-CoV-2核酸检测实验室召开紧急会议,询查实验室工作人员近期检测流程情况,并跟踪了当天第一批SARS-CoV-2检测全过程,并没发现违反检测流程的现象,会议决定对SARS-CoV-2核酸检测实验室的环境监测点进行SARS-CoV-2核酸检测分析。
采样方法为:实验活动与环境消毒前,使用病毒采样拭子蘸取H3-1采样液,对实验室操作台面(5×5×4CM2)、移液器表面及吸嘴部分、储存冰箱及传递窗把手、核酸提取仪表面、荧光定量基因扩增仪扩增仓、生物安全柜内壁反复涂抹,然后采样拭子回收洗脱至H3-1采样管;空气监测则使用空气沉降法,H3-1采样管开盖使采样液暴露于固定监测位置(<30M2放置3个点,>30M2放置5个点)30Min。监测结果如表1。
表1核酸检测实验室环境监测点SARS-CoV-2核酸检测结果[N(%)]
采样部位 | N | 阳性[N(%)] | 阴性[N(%)] | N | ORF1ab |
试剂准备区环境监测点 | |||||
操作台面 | 3 | 0(0.00) | 3(100) | - | - |
移液器表面及吸嘴部分 | 4 | 0(0.00) | 4(100) | - | - |
试剂储存冰箱把手 | 2 | 0(0.00) | 2(100) | - | - |
试剂传递窗把手 | 2 | 0(0.00) | 2(100) | - | - |
空气 | 3 | 0(0.00) | 3(100) | - | - |
标本制备处理区环境监测点 | |||||
操作台面 | 3 | 0(0.00) | 3(100) | - | - |
移液器表面及吸嘴部分 | 4 | 0(0.00) | 4(100) | - | - |
样本储存冰箱把手 | 4 | 0(0.00) | 4(100) | - | - |
微型混合器 | 1 | 0(0.00) | 1(100) | - | - |
Auto-pure32A型全自动核酸提取仪内壁 | 2 | 0(0.00) | 2(100) | - | - |
生物安全柜内壁 | 3 | 0(0.00) | 3(100) | - | - |
空气 | 3 | 0(0.00) | 3(100) | - | - |
扩增及产物分析一区环境监测点 | |||||
操作台面 | 3 | 2(67.0) | 1(33.0) | + | - |
PA7600荧光定量基因扩增仪扩增仓 | 2 | 2(100) | 0(0.00) | + | - |
空气 | 5 | 2(40.0) | 3(60.0) | + | - |
根据上述新冠核酸实验室环境监测点SARS-CoV-2核酸检测结果判断,试剂准备区与标本制备处理区所有环境监测点SARS-CoV-2核酸检测结果阴性,而扩增及产物分析一区环境监测点均出现SARS-CoV-2核酸检测结果阳性,那么是实验室污染了吗?如果是又属于
什么类型污染呢?污染源来自哪里?如何清除污染源?
实时荧光RT-PCR作为高灵敏度的检测手段,极其微量的样品或者污染物也能扩增检出,即在本不该出现荧光信号的阴性样本、阴性对照(生理盐水)或空白对照中出现了阳性的荧光信号(扩增曲线),出现假阳性结果而误导临床诊断或者浪费试剂耗材。新冠核酸实验室污染的表现多为:假阳性的渐进式、散发式、突发式增多,同时更多的案例表现为阴性对照出现阳性荧光信号(扩增曲线),因此该新冠核酸实验室极大可能已被污染。
据报道目前核酸实验室污染的主要类型有:①标本污染;②试剂污染;③扩增产物污染;④设备污染;⑤其他污染[4]。标本污染主要是容器被污染、容器密封不严造成样品被污染等;试剂污染主要是在体系试剂配制加样过程中,由于加样器、容器、双蒸水、阴性对照及其它试剂被PCR核酸模板或阳性对照污染;扩增产物污染主要是PCR实验室中最主要、最常见的污染。